O intestino representa uma das primeiras linhas de defesa do organismo, uma vez que muitos agentes patogénicos chegam facilmente a este órgão pela boca. Assim, percebe-se o porquê do intestino ter uma concentração tão elevada de defesas imunitárias. É por isso também que no intestino existem vários microrganismos, como bactérias e leveduras, conhecidos como flora ou microbiota intestinal, que conseguem estimular essas defesas imunitárias.